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使用从灭绝和古代博物馆标本中提取的DNA揭示遗传秘密

时间:2022-01-17 09:58:01来源:

该协议开始于对蛋白酶K和冷冻的然后破碎的组织的混合物进行涡流流体装置(VFD)处理。接下来处理反应混合物以除去固体和DNA聚合酶抑制剂。然后纯化回收的DNA并浓缩。最后,通过样品的(B)qPCR和(C)DNA测序扩增,定量和表征DNA。

使用涡流装置(VFD)提取的DNA蛋白可以帮助回答有关灭绝和古代博物馆标本的重要问题。

保存后的博物馆标本中的DNA可让科学家探索物种的历史以及人类对生态系统的影响,但样品通常保存在甲醛中,甲醛会破坏DNA并使其很难回收。

研究人员已经使用涡流装置(VFD)加快了从甲醛保存的美国龙虾中提取DNA的速度,其结果为探索全球博物馆中数百万甚至绝种物种的DNA提供了路线图。

弗林德斯博士候选人杰西卡·菲利普斯(Jessica Phillips)说,在VFD中处理博物馆标本中保存的组织会分解蛋白质,释放出可提供重要历史遗传信息的DNA。

杰西卡·菲利普斯(Jessica Phillips),弗林德斯大学(Vlinders University)的涡流流体装置(Vortex Fluidic Device)。

DNA提取是通过在VFD中的酶溶液中处理保存的组织来实现的。这种酶分解蛋白质,释放出可以分析的DNA。通过使用VFD,我们可以将这一过程从几天缩短到几个小时。 Phillips女士说。

“这些样品在甲醛中保存了150年,这会损坏DNA,也使DNA难以回收。我们在涡流装置(VFD)中使用了机械能,通过在VFD的酶溶液中处理保存的组织来加速提取。”

这项工作是加州大学欧文分校(UCI),哈佛大学生物与进化生物学系和弗林德斯大学之间的合作。

研究人员说,研究结果为探索全球博物馆中数百万种甚至灭绝物种的DNA提供了路线图。

清洁技术研究主席Colin Raston教授说,这项工作建立在他的研究小组发表的有关涡流装置的80篇论文的基础上。

VFD的应用正在迅速扩展,但这只能通过内部协作来实现。DNA提取的应用涉及与UCI的Greg Weiss教授和哈佛的Peter Girguis教授领导的另外两个研究实验室的合作。

Raston教授说:“我们只是摸索了该设备的功能。”

参考:Christian A. Totoiu,Jessica M. Phillips,Aspen T. Reese,Sudipta Majumdar,Peter R. Girguis,Colin L. Raston和Gregory A. Weiss撰写的“从福尔马林固定的博物馆标本中涡流介导的DNA拯救”。 2020年,PLOS ONE.DOI:
10.1371 / journal.pone.0225807

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